Au cours de la partie, les joueurs investissent dans de nouvelles industries, construisent des usines et des chemins de fer, et produisent des biens pour saturer les marchés locaux et remplir des contrats – tout cela pour accroître leur influence et leur pouvoir et devenir les dirigeants du nouveau pays modernisé.

Les joueurs sont libres de choisir leur style de jeu et leur stratégie de victoire : Ils choisissent ce pour quoi ils marquent des points de victoire, contrôlent le rythme du jeu avec des tours de revenus, et font la course pour obtenir les usines, les marchés et les bonus les plus avantageux.

Tous les mécanismes de base du Nippon original sont présents, mais les composants, l’art et le design ont été améliorés, et de nombreuses fonctions de jeu ont été retravaillées pour que le jeu soit en phase avec les tendances modernes. Nippon : Zaibatsu propose de nouveaux types de ressources, les navires sont fortement révisés avec de nouvelles règles de mission Iwakura, les usines sont beaucoup plus variables, les tours de consolidation offrent aux joueurs de nouvelles récompenses, et bien d’autres choses encore. De plus, le jeu dispose désormais d’un mode solo piloté par automate.